उसके खिलाफ यह आरोप दिल्ली के जामिया इलाके एवं अलीगढ़ विश्वविद्यालय में देश विरोधी भाषण देने को लेकर लगाए गए हैं। उसने असम को देश के अन्य भागों से जोड़ने वाले भूभाग को काट देने की बात कही थी। यह सब आपत्तिजनक भाषण उसने वर्ष 2019 में संशोधित नागरिकता कानून (सीएए) और राष्ट्रीय नागरिक पंजीकरण (एनआरसी) के खिलाफ प्रदशर्न के दौरान दिए थे। उसी समय दिल्ली के साथ-साथ देश के अन्य भागों में दंगे हुए थे।
कड़कड़डूमा कोर्ट के अतिरिक्त सत्र न्यायाधीश अमिताभ रावत ने उसके खिलाफ आईपीसी की धारा 124ए (देशद्रोह), 153ए (धार्मिंक आधार पर दो समुदायों के बीच शत्रुता पैदा करना), धारा 153 बी (राष्ट्रीय एकता के खिलाफ अभिकथन), धारा-505 (सार्वजनिक अशांति के लिए बयान), गैरकानूनी गतिविधि (निषेध) अधिनियम (यूएपीए) की धारा-13 (गैरकानूनी गतिविधि के लिए सजा) के तहत आरोप तय किए गए हैं।  न्यायाधीश ने इसके साथ ही सुनवाई स्थगित कर दी है।
अभियोजन पक्ष के अनुसार इमाम ने 13 दिसम्बर, 2019 को जामिया मिल्लिया इस्लामिया में और 16 दिसम्बर, 2019 को अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में दिए भाषणों में कथित तौर पर असम व पूर्वोत्तर को भारत से अलग करने की धमकी दी थी।

शरजील को जामिया इलाके और जामिया मिलिया इस्लामिया विश्वविद्यालय के मामले में दिसम्बर, 2019 में जमानत मिल चुकी है, लेकिन उसे देशद्रोह संबंधी देश के विभिन्न भागों में बयानबाजी करने के मामले में जमानत नहीं मिली है। शरजील जनवरी, 2020 से ही न्यायिक हिरासत में है। उसके खिलाफ दिल्ली पुलिस ने मामला दर्ज किया था। शरजील इमाम ने 16 जनवरी, 2020 को अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में जो भाषण दिया था उसके आधार पर उसके खिलाफ देश के पांच राज्य उत्तर प्रदेश, दिल्ली, अरु णाचल प्रदेश, मिजोरम व असम में मामला दर्ज किया गया था। उसे बिहार से गिरफ्तार किया गया था। दिल्ली पुलिस के आरोप पत्र के अनुसार उसने जो भाषण दिया था उसमें केंद्र सरकार के प्रति घृणा, अवमानना और अप्रसन्नता जैसे बातें थी, उस वजह से ही लोग भड़क गए थे। उसके बाद ही दिल्ली में दंगे हुए थे। शरजील ने मुंबई आईआईटी से बीटेक एवं एमटेक किया है व 2013 में जेएनयू से आधुनिक इतिहास में पीजी की डिग्री ली है।